UGENE - это интегрированная среда для работы молекулярного биолога

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Для доступа к функциям программы поддерживается как графический, так и консольный интерфейс

В контексте проекта UGENE активно развиваются два новых языка программирования : для построения диаграмм для анализа потока данных и диаграмм для структурных запросов к базам данных.
Цель данных языков - при помощи графических интерактивных инструментов упростить написание алгоритмов для людей, незнакомых с программированием, и при этом создавать алгоритмы с учетом масштабирования на многопроцессорные системы и кластеры.

Функциональность:

* Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3, KAlign, MAFFT, Clustal ;
* Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
* Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
* Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
* Филогенетический анализ с помощью Phylip;
* Поиск сайтов рестрикции;
* Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
* Сборка контигов с помощью Bowtie
* Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
* Поиск открытых рамок считывания;
* Обратная трансляция белков;
* Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

Пользовательский интерфейс:

* Простая и удобная работа с последовательностями;
* Визуализация хроматограмм;
* Редактор множественного выравнивания;
* Просмотр трехмерных моделей PDB и MMDB с поддержкой стерео-режима;
* Просмотр филогенетических деревьев;
* Конструктор вычислительных схем автоматизирующий процесс анализа;
* Поддержка сохранения изображений в векторные форматы для удобства публикации.

Высокопроизводительные вычисления:

* Полная поддержка современных многоядерных процессоров;
* Встроенная поддержка вычислений на графических ускорителях;
* Вычисления на процессоре Cell Broadband Engine;
* Поддержка облачных вычислений: запуск вычислительных задач на Amazon EC2;
* Суперкомпьютерные и распределенные решения.